La Societas Europaea est critiquée à plusieurs reprises au niveau de sa forme juridique qui semble minimiser la participation des travailleurs. La société européenne offrirait en effet l’occasion de restreindre les droits des salariés. La cogestion est réglementée au niveau local, une SE étant une entreprise internationale, sa représentation du personnel est également internationale.
Mais le fait qu'aucune Societas Europaea ne puisse être fondée sans le consentement d'un organe représentatif du personnel va à l’encontre de la critique concernant la cogestion : si une société souhaite transformer sa forme juridique en SE, un groupe spécial de négociation (GSN) doit alors être constitué et associé au processus décisionnel. En plus des employés actuels, il est également prévu que des représentants syndicaux de l’extérieur de l’entreprise seront présents au comité. La participation des employés peut se faire sous différentes formes : une représentation au niveau du conseil d’administration ou bien via une instance distincte.
Les négociations ont une durée maximale de six mois ; si les deux parties en conviennent, les négociations peuvent durer jusqu’à un an. En l’absence d’accord, une disposition de référence entrera alors en vigueur : elle stipule que le niveau de participation sera déterminé par le niveau de participation antérieur le plus élevé de l'une des entreprises participantes. Si, par exemple, deux sociétés fusionnent pour former une SE et que la disposition de référence doit être appliquée, la cogestion est basée sur le modèle le plus intégratif. Par conséquent, si l’entreprise A possède plus de participation des travailleurs, cela signifie que pour l'entreprise B la disposition de référence y applique le modèle de l’entreprise A.
La critique à l’encontre de la Societas Europaea est que la participation des salariés est également basée sur la législation nationale. Or, la SE permet toutefois aux entreprises de délocaliser facilement leur siège social dans un autre État membre de l’UE qui exige moins en termes de participation des salariés que, par exemple le France ou l’Allemagne.