Néanmoins, ce dernier avantage évoqué ci-dessus constitue également un des inconvénients majeurs du compte de résultat par nature. Afin de connaître le stock exact de produits finis et semi-finis, il est nécessaire de procéder régulièrement à des inventaires détaillés. Cependant, la plupart des entreprises fonctionnent avec des effectifs normaux et ne peuvent donc procéder à des inventaires qu'une fois par an, à la date de clôture de l’exercice. Par conséquent, on effectue les calculs au cours de l'exercice pour ces postes, en se basant sur des estimations ou des approximations, ce qui a pour effet de fausser plus ou moins le résultat. Cela vient affaiblir l’impact du compte de résultat sur la rentabilité.
De plus, pour tous les groupes de produits, l’état des stocks et les chiffres des ventes sont agrégés et regroupés en un seul poste, ce qui constitue un inconvénient supplémentaire. Il est donc impossible d’évaluer la rentabilité d’un produit ou d’une ligne de produit en particulier, car seule la globalité de la réussite ou d’un échec est enregistrée. C’est problématique, en particulier pour les grosses entreprises, qui proposent un large éventail de produits différents. Pour être capable de mieux évaluer leur réussite commerciale en détail, elles vont donc devoir faire d’autres calculs et appliquer d’autres méthodes propres à la gestion d'entreprise. Dans ce type de cas, le compte de résultat, qui est une des bases importantes de la gestion d'entreprise, ne remplit pas ses objectifs.
En revanche, le compte de résultat par nature convient aux petites et moyennes entreprises qui disposent d’une offre produits simple à gérer, car il présente des facilités d’utilisation et de calcul.