Aucune aide à l’établissement de priorités : avec la méthode GTD, les priorités tiennent un rôle secondaire. La première utilité de ce système est de ne rien oublier et d’exploiter son temps libre de manière efficace. Pour ceux qui souhaitent s'assurer de définir correctement leurs priorités, il existe d’autres techniques - dont la matrice d’Eisenhower par exemple.
Aucune organisation hebdomadaire et quotidienne : GTD ne suggère pas non plus de planification optimisée de ses journées ou de ses semaines. Si vous avez du mal à définir des objectifs, déterminer les étapes suivantes et agencer efficacement le déroulement de votre journée, la méthodologie GTD ne vous aidera pas vraiment. Pour une planification quotidienne de vos tâches, la méthode ALPEN peut être mieux adaptée.
Classification systématique complexe : il ne faut pas compter s’imprégner du principe GTD en cinq minutes, ni le mettre en œuvre en un après-midi. Pour pouvoir le transformer en atout, il faut en avoir compris chaque particularité et être prêt à les appliquer. Il s'agit d’un système tout ou rien. Ainsi, par exemple, si vous ne procédez pas au passage en revue hebdomadaire de ce que vous avez accompli ou ne classez pas vos listes de tâches par contexte, vous freinerez votre réussite.
(Trop) nombreux changements d’habitudes : séduit par la méthode GTD ? Préparez-vous à modifier très rapidement un grand nombre de vos habitudes. Vider votre corbeille d’entrée régulièrement est une obligation, le passage en revue de votre liste de projets et de la liste « En attente » doit être planifié et, dans un premier temps, la création de listes contextuelles est un apprentissage.
La critique principale faite à GTD est la suivante : ces nombreux ajustements ajoutent à la charge mentale de l’utilisateur. S’il vous est difficile de changer vos habitudes, intéressez-vous plutôt à une technique d’organisation mieux adaptée à votre personnalité.