Com­pa­ra­tif des meilleurs logiciels de comp­ta­bi­lité

La comp­ta­bi­lité est une partie certes complexe, mais es­sen­tielle de la vie quo­ti­dienne d’une en­tre­prise : il est de la plus haute im­por­tance de garder vos finances en ordre. Des erreurs d’inat­ten­tion pour­raient vous coûter cher ! Heu­reu­se­ment, la comp­ta­bi­lité est aujourd’hui bien plus simple qu’avant. Il existe en effet un large éventail de logiciels de comp­ta­bi­lité et de fac­tu­ra­tion qui vous sim­pli­fient le travail dans de nombreux domaines, de la gestion des comptes à la fac­tu­ra­tion. Une nouvelle exigence s’y ajoute : à partir du 1er septembre 2026, toutes les en­tre­prises as­su­jet­ties à la TVA doivent pouvoir recevoir des factures élec­tro­niques, et l’obli­ga­tion d’en émettre s’applique ensuite par étapes.

Aperçu des prin­ci­paux logiciels de comp­ta­bi­lité

Quel logiciel est fait pour vous ? Le tableau ci-dessous compare les 12 logiciels présentés, avec leurs prin­ci­pales ca­rac­té­ris­tiques. Toutes les in­for­ma­tions sont à jour en octobre 2026.

✓ = fonc­tion­na­lité indiquée par l’éditeur, (✓) = indiquée avec des réserves ou dans certaines offres seulement, – = non confirmé. Pour la facture élec­tro­nique : ✓ = l’éditeur figure lui-même sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées publiée sur impots.gouv.fr (consultée en octobre 2026), (✓) = accès à une pla­te­forme agréée par­te­naire, selon l’éditeur, – = ne figure pas sur cette liste. Prix : € = jusqu’à 15 € par mois, €€ = de 15 à 30 € par mois, €€€ = plus de 30 € par mois. Ils cor­res­pon­dent à l’offre payante la moins chère, au tarif public hors taxes (HT), sans promotion. Pour Odoo, le prix est calculé par uti­li­sa­teur. « Sur devis (pas de prix public) » signifie que l’éditeur ne publie aucun tarif et que l’offre doit être demandée di­rec­te­ment. Un plan gratuit est indiqué lorsqu’il existe. Les tarifs et le contenu des offres changent : vérifiez-les sur le site de l’éditeur. Les niveaux de prix ne sont donnés qu’à titre indicatif : ils reposent sur les prix catalogue au moment de la rédaction et peuvent varier selon la durée d’en­ga­ge­ment, le nombre d’uti­li­sa­teurs ou la TVA ; consultez l’offre actuelle de l’éditeur.

Fac­tu­ra­tion élec­tro­nique : ce que vous devez savoir

La fac­tu­ra­tion élec­tro­nique devient obli­ga­toire pour les échanges entre en­tre­prises as­su­jet­ties à la TVA. Pour le choix de votre logiciel, cela signifie qu’il doit pouvoir recevoir des factures élec­tro­niques et, selon la taille de votre en­tre­prise, aussi les émettre.

Attention : lorsqu’un éditeur affirme que son logiciel est « conforme » ou « certifié », il s’agit souvent de sa propre in­di­ca­tion. Vérifiez le statut de pla­te­forme agréée sur la liste of­fi­cielle publiée sur impots.gouv.fr (un logiciel peut aussi se connecter à la pla­te­forme agréée d’un autre opérateur), et faites confirmer par votre expert-comptable que votre ins­tal­la­tion répond aux exigences.

De quoi faut-il tenir compte lors du choix d’un logiciel de gestion comptable ?

Il existe dif­fé­rents types de logiciels de comp­ta­bi­lité. Certains pro­grammes sont proposés en té­lé­char­ge­ment (on-premises) et installés lo­ca­le­ment, d’autres fonc­tion­nent comme une comp­ta­bi­lité en ligne dans le Cloud. Ces derniers per­met­tent un accès de n’importe où, uni­que­ment avec un na­vi­ga­teur et un accès à Internet.

Pour qu’un programme de comp­ta­bi­lité vous aide réel­le­ment dans votre travail, certaines fonctions doivent être incluses.

• Saisie des documents : les factures doivent pouvoir être trans­fé­rées fa­ci­le­ment dans le système.
• Fac­tu­ra­tion élec­tro­nique : le logiciel doit pouvoir recevoir des factures élec­tro­niques et, si votre en­tre­prise est concernée, les émettre via une pla­te­forme agréée, par exemple au format Factur-X.
• Banque en ligne : pour pouvoir gérer ef­fi­ca­ce­ment les finances, le logiciel de comp­ta­bi­lité doit disposer d’une interface avec votre compte bancaire.
• Fac­tu­ra­tion : un bon logiciel permet de créer des factures et des rappels sans trop d’efforts.
• CRM : les logiciels de gestion comptable complets vous offrent également des pos­si­bi­li­tés de gestion de vos clients, comme ce qu’ils ont pré­cé­dem­ment acheté, etc.
• In­ven­taire : dans un bon logiciel de comp­ta­bi­lité, vous gérez votre in­ven­taire et éta­blis­sez des factures et des bons de livraison.
• Aperçu des commandes : comme tout fonc­tionne main dans la main, vous pouvez également suivre les commandes et les relier aux autres in­for­ma­tions.

Si ces fonctions sont incluses, le logiciel de comp­ta­bi­lité vous sou­tien­dra dans le quotidien de votre en­tre­prise.

Logiciels de comp­ta­bi­lité : 12 solutions à connaître

Avec tant d’offres dif­fé­rentes sur le marché, il peut être très dé­cou­ra­geant d’essayer de choisir le bon logiciel de gestion comptable pour votre en­tre­prise. Voici 12 solutions pour vous aider à décider plus fa­ci­le­ment.

Pennylane

Pennylane s’adresse aux in­dé­pen­dants et aux petites en­tre­prises. L’éditeur propose quatre formules : Starter, Basique, Essentiel et Premium. Selon l’éditeur, la fac­tu­ra­tion élec­tro­nique est incluse dans toutes les formules, qui s’ac­com­pag­nent d’un compte pro­fes­sion­nel (son ac­ti­va­tion est requise) avec cartes physiques et vir­tuelles, ainsi que de la syn­chro­ni­sa­tion bancaire et du rap­pro­che­ment des tran­sac­tions. Les relances au­to­ma­tiques et les factures ré­cur­rentes sont proposées à partir de la formule Essentiel ; les rapports comp­tables, les clôtures et la gestion des dé­cla­ra­tions fiscales sont réservés à la formule Premium. Un essai gratuit de 15 jours, sans en­ga­ge­ment, est proposé. Pennylane figure sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées.

Indy

Indy est destiné aux micro-en­tre­pre­neurs et aux sociétés. Il existe un plan gratuit qui comprend des devis et des factures illimités, la fac­tu­ra­tion élec­tro­nique, la syn­chro­ni­sa­tion bancaire au­to­ma­tique ainsi qu’un compte pro­fes­sion­nel avec IBAN et carte Mas­ter­card, selon l’éditeur. Les formules payantes ajoutent notamment les factures ré­cur­rentes, la relance au­to­ma­tique des impayés et les dé­cla­ra­tions de TVA ; les formules su­pé­rieures incluent un expert-comptable par­te­naire. Les tarifs varient selon que vous êtes micro-en­tre­pre­neur ou société. Indy figure sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées.

Tiime

Tiime propose un plan gratuit, ainsi que trois formules payantes : Initial, Smart et Business. Selon l’éditeur, toutes les formules com­pren­nent la fac­tu­ra­tion élec­tro­nique via la pla­te­forme agréée de Tiime (une ins­crip­tion à cette pla­te­forme est né­ces­saire) et des ap­pli­ca­tions mobiles iOS et Android. La formule Initial ajoute un compte pro­fes­sion­nel avec IBAN et carte (sous con­di­tions d’éli­gi­bi­lité) ; la formule Smart la syn­chro­ni­sa­tion bancaire illimitée et l’accès multi-uti­li­sa­teurs ; la formule Business les liens de paiement, la signature élec­tro­nique des devis et le pré­vi­sion­nel de tré­so­re­rie. Les formules payantes sont proposées avec 60 jours d’essai gratuit. Tiime figure sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées.

Qonto

Qonto n’est pas un logiciel de comp­ta­bi­lité à pro­pre­ment parler, mais un compte bancaire pro­fes­sion­nel qui intègre des outils de gestion. L’offre comprend des formules pour in­dé­pen­dants (Basic, Smart, Premium) et pour les équipes (Essential, Business, En­ter­prise). Selon l’éditeur, toutes les formules incluent un outil de fac­tu­ra­tion élec­tro­nique via une pla­te­forme agréée gratuite, ainsi que des devis et factures illimités. Un essai gratuit d’un mois est proposé. Qonto figure sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées. Il convient donc surtout si vous souhaitez regrouper votre banque et votre fac­tu­ra­tion chez un seul four­nis­seur, et le compléter par un logiciel de comp­ta­bi­lité ou par votre expert-comptable.

Sage

Sage propose dif­fé­rents pro­grammes de comp­ta­bi­lité : certains destinés aux petites en­tre­prises et aux en­tre­pre­neurs, d’autres dédiés aux grandes en­tre­prises. Pour les petites struc­tures, Sage Active est une solution en ligne proposée en deux formules : Starter (fac­tu­ra­tion) et Es­sen­tials (fac­tu­ra­tion, comp­ta­bi­lité, paie et RH, avec un salarié inclus). Selon l’éditeur, la pla­te­forme agréée de Sage est intégrée na­ti­ve­ment, une ap­pli­ca­tion mobile est proposée (présentée comme nouveauté) et un mois d’essai gratuit est proposé (carte bancaire requise). Sage 50 est décliné en trois packs, Comp­ta­bi­lité, Gestion com­mer­ciale et Gestion d’en­tre­prise, chacun pour un maximum de trois uti­li­sa­teurs, avec l’ap­pli­ca­tion Sage 50 Mobile incluse. Sage figure sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées.

Sage propose de plus d’autres produits destinés aux grandes en­tre­prises, comme Sage 100, Sage X3 ou Sage Intacct. Ainsi, ce logiciel de comp­ta­bi­lité sur Internet peut évoluer avec votre en­tre­prise, sans que vous ayez à com­plè­te­ment changer de four­nis­seur durant votre crois­sance.

Cegid

Cegid est un éditeur de solutions de gestion qui s’adresse, selon son site, aux petites en­tre­prises, aux PME, aux ETI et aux grandes en­tre­prises ainsi qu’aux cabinets d’expertise comptable. Son catalogue couvre notamment la finance, les RH et la paie, l’ERP et le commerce de détail. Cegid met en avant des solutions Cloud et l’in­tel­li­gence ar­ti­fi­cielle, et figure sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées.

Les tarifs de Cegid ne sont pas publiés sur les pages con­sul­tées : adressez-vous à l’équipe com­mer­ciale de l’éditeur pour connaître l’offre adaptée à vos besoins.

EBP

EBP est un éditeur français de logiciels de gestion. Son logiciel de gestion com­mer­ciale EBP Gestion Com­mer­ciale ACTIV gère les devis, les factures, le suivi des rè­gle­ments et des clients, ainsi que les stocks et les achats. Il est présenté par l’éditeur comme un logiciel en ligne, com­pa­tible Windows et Mac, avec un uti­li­sa­teur et une société inclus (version multi-uti­li­sa­teurs jusqu’à quatre uti­li­sa­teurs sur demande). Selon l’éditeur, il exporte les factures au format Factur-X et intègre l’accès à une pla­te­forme agréée par­te­naire. EBP lui-même ne figure pas sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées.

Axonaut

Axonaut est un logiciel de gestion en ligne tout-en-un pour les TPE et les PME. Selon l’éditeur, toutes les fonctions sont re­grou­pées dans une seule offre : devis et factures, CRM, compte pro­fes­sion­nel avec cartes, tré­so­re­rie avec pré­vi­sion­nel, gestion des stocks, gestion de projets avec feuilles de temps et module RH (registre du personnel, stockage des bulletins de salaire, gestion des congés et absences). Seuls certains services externes (signature élec­tro­nique, paiement en ligne des factures, courriers postaux) sont facturés en plus. Axonaut est dis­po­nible en ap­pli­ca­tion mobile iOS et Android et figure sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées. Un essai gratuit de 15 jours est proposé ; le prix dépend du nombre d’uti­li­sa­teurs.

Henrri

Henrri est un logiciel de fac­tu­ra­tion en ligne, gratuit et illimité à vie selon l’éditeur. Il permet de créer des devis, des factures et des avoirs, de suivre les paiements, d’envoyer des relances au­to­ma­tiques à vos clients, de rap­pro­cher vos opé­ra­tions bancaires et d’exporter vos données comp­tables. Selon l’éditeur, il compte environ 246 000 en­tre­prises uti­li­sa­trices et se déclare prêt pour la fac­tu­ra­tion élec­tro­nique, en émission comme en réception. Henrri ne figure pas sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées consultée en octobre 2026 : ren­seig­nez-vous auprès de l’éditeur sur la pla­te­forme agréée à laquelle il se connecte avant de l’utiliser pour vos échanges.

Zoho Books

Zoho Books propose un logiciel de comp­ta­bi­lité en ligne aux en­tre­pre­neurs et aux petites et moyennes en­tre­prises. Sur la page tarifaire française, l’éditeur affiche un forfait gratuit (un uti­li­sa­teur et un comptable) et cinq forfaits payants : Standard, Pro­fes­sion­nel, Premium, Élite et Ultime. Le forfait gratuit comprend notamment les factures, les devis, les dépenses, le rap­pro­che­ment bancaire et les factures ré­cur­rentes ; le forfait Standard ajoute la connexion des flux bancaires, et le forfait Pro­fes­sion­nel la fac­tu­ra­tion des feuilles de temps et le suivi de l’in­ven­taire. Un essai gratuit de 14 jours est proposé ; des ap­pli­ca­tions iOS et Android sont dis­po­nibles. Zoho Books ne figure pas sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées, et la page tarifaire ne mentionne pas de fonc­tion­na­lité de fac­tu­ra­tion élec­tro­nique propre à la France : pour la fac­tu­ra­tion élec­tro­nique, vous devez vous connecter à une pla­te­forme agréée.

Odoo

Odoo est une suite d’ap­pli­ca­tions de gestion. Il existe un plan gratuit avec une ap­pli­ca­tion (pour un nombre illimité d’uti­li­sa­teurs) : si vous n’avez besoin que d’une seule ap­pli­ca­tion, comme la comp­ta­bi­lité, vous n’aurez pas à débourser un euro. Les formules payantes, Standard et Custom, sont facturées par uti­li­sa­teur et donnent accès à toutes les ap­pli­ca­tions, dont le CRM, la comp­ta­bi­lité, l’e-commerce, les RH et l’in­ven­taire. Selon l’éditeur, l’hé­ber­ge­ment et le support sont inclus. La formule Custom permet aussi un dé­ploie­ment sur Odoo.sh ou sur vos propres serveurs. Odoo figure sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées.

Wavesoft

Wavesoft est un éditeur français de logiciels de gestion, actif depuis 2003 et destiné, selon son site, aux TPE et PME. La dis­tri­bu­tion passe ex­clu­si­ve­ment par un réseau de par­te­naires in­té­gra­teurs, et les tarifs ne sont pas publiés sur le site. Le logiciel couvre notamment la gestion com­mer­ciale, la comp­ta­bi­lité et la fac­tu­ra­tion, ainsi que le CRM ; la comp­ta­bi­lité est proposée en trois éditions : Standard, Pro­fes­sion­nelle et En­tre­prise. Selon l’éditeur, ses solutions de fac­tu­ra­tion et de comp­ta­bi­lité sont cer­ti­fiées AFNOR NF525 et NF203. Wavesoft ne figure pas sur la liste of­fi­cielle des pla­te­formes agréées : pour la fac­tu­ra­tion élec­tro­nique, vous devez vous connecter à une pla­te­forme agréée de votre choix.

Questions fré­quentes sur les logiciels de comp­ta­bi­lité et la fac­tu­ra­tion élec­tro­nique

Les réponses suivantes résument les points es­sen­tiels de ce com­pa­ra­tif (in­for­ma­tions à jour en octobre 2026).

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