Dans les bases de données relationnelles classiques, un champ doit exister pour chaque information et dans chaque entrée. Lorsque les informations ne sont pas disponibles, la cellule reste vide et doit être créée. Les bases de données orientées documents sont beaucoup plus flexibles : la structure des différents documents n’a pas à être cohérente. La base de données peut même héberger de grands volumes de données non structurés.
Par ailleurs, il est très facile d’intégrer de nouvelles informations : alors qu’avec une base de données relationnelle, il est nécessaire d’insérer un nouveau point d’information dans tous les ensembles de données, dans le cas d’un document store, il suffit d’intégrer la nouvelle entrée dans quelques ensembles de données seulement. Dans d’autres documents, le contenu supplémentaire peut être ajouté, mais ce n’est pas indispensable.
Par ailleurs, dans le cas des document stores, les informations ne sont pas partagées entre plusieurs tableaux reliés les uns aux autres. Tout se trouve à un même endroit ce qui peut entraîner une meilleure performance. Cependant, les bases de données orientées documents peuvent uniquement exploiter cet avantage de rapidité tant que l’on n’essaie pas de les doter d’éléments relationnels : les références ne peuvent pas être utilisées dans le concept de document stores. Si l’on essaie malgré tout de relier des documents entre eux, le système devient alors très complexe et peu pratique. Dans le cas de volumes de données fortement reliés, une base de données relationnelle est donc plus indiquée.