En principe, le mode incognito supprime l'historique et, avec la plupart des navigateurs, les cookies lorsqu'une session est terminée. Cependant, il ne supprime généralement pas les favoris ou les fichiers téléchargés. La suppression de l'historique de navigation peut être particulièrement importante si plusieurs personnes utilisent le même ordinateur. Si quelqu'un surfe incognito, les utilisateurs ultérieurs de l'ordinateur ne peuvent pas savoir quelles pages ont été consultées par quelqu'un.
Les fournisseurs de services Internet et les administrateurs de réseau - et donc, dans le cas des PC d'entreprise, généralement aussi les employeurs - peuvent très bien suivre les pages que quelqu'un a visitées ; même en mode incognito. Le mode incognito ne protège pas (du moins pas à l'origine) contre les traqueurs et les outils d'analyse que les sites Web utilisent pour tenter de suivre le comportement des utilisateurs en matière de navigation ; il ne protège pas non plus contre les logiciels malveillants, tels que les enregistreurs de frappe - connus aussi sous le nom de keyloggers - ou les renifleurs. Certains navigateurs, tels que Mozilla Firefox, ont étendu les mécanismes de protection dans ce sens, les paramètres pour cela sont généralement indépendants du mode incognito.
La navigation privée signifie donc avant tout que les prochains utilisateurs du même ordinateur ne sont pas en mesure de savoir quelles pages l'utilisateur précédent a consultées. En outre, la plupart des navigateurs suppriment les cookies qui ont été placés par des tiers lors de la navigation en mode incognito après la fin du processus de navigation. En général, même en mode incognito, vous ne naviguerez jamais « anonymement ». Si vous voulez rendre votre comportement de navigation totalement anonyme, il vous faudra choisir d'autres méthodes.