La communication, la publicité, la distribution et la vente sont gérées sur plusieurs canaux au lieu d’un seul, ce qui implique une logistique plus complexe et des coûts de contrôle plus élevés. Si les différents canaux ne présentent pas une image d’entreprise homogène, les clients potentiels peuvent être perturbés et ne plus reconnaître que les produits et services offerts appartiennent à une seule et même entreprise.
Un autre inconvénient du multicanal est que les différents canaux de vente n’existent que côte à côte, mais ne sont pas liés entre eux en termes d’organisation et de technologie de l’information. Le fait de ne pas avoir la possibilité de passer à volonté d’un canal à l’autre au sein d’une même transaction (par exemple, à l’aide du Click and Collect) peut donc être peu attrayant pour certains consommateurs et les amener à se tourner vers un concurrent qui offre une expérience d’achat plus complète (voir marketing cross-canal et omnicanal ci-dessous).
Il y a aussi le problème de la « cannibalisation ». Par exemple, les consommateurs peuvent prendre un contrat Internet par téléphone, en ligne ou dans l’une des succursales du fournisseur. Dans le cadre d’une stratégie multicanal, chacun de ces canaux est géré séparément. Ainsi, le conseiller clientèle ne tire aucun bénéfice direct si un client potentiel obtient des conseils sur place et conclut ensuite un contrat via la page d’accueil de l’entreprise. Dans ce cas, il s’agit d’un effet de cannibalisation : l’entreprise et donc les ventes passent partiellement ou même complètement d’un canal à un autre. De nombreux propriétaires de magasins craignent par exemple une migration des clients du commerce hors ligne vers le commerce en ligne. Toutefois, les chiffres ne le prouvent que dans une mesure limitée.
Certaines études brossent même le tableau inverse : les consommateurs français utilisent Internet comme source de recherche, mais préfèrent acheter sur place dans 60 pour cent des cas, ce que les experts appellent « l’effet ROPO ».